Molekularny test lekowrażliwości dla gruźlicy

Xie i in. (Wydanie 14 września) przedstawia ocenę nowego testu molekularnego do wykrywania oporności Mycobacterium tuberculosis na fluorochinolony, aminoglikozydy i izoniazyd. W sekcji Dyskusja autorzy wspominają, że jednym z ograniczeń ich badań jest to, że reprezentacja geograficzna jest ograniczona do Chin i Korei Południowej. Geograficzne pochodzenie szczepu M. tuberculosis ma szczególne znaczenie dla interpretacji badań genotypowych pod względem oporności na leki. Na przykład, wykazano, że szczepy z obszaru Konga mogą być błędnie interpretowane jako odporne na fluorochinolony za pomocą testu GenoType MTBDRsl (Hain Lifescience) z powodu lokalnej dyfuzji klonu niosącego polimorfizm A90G w gyrA.2 W przypadku innych antybiotyków, odmiany związane z położeniem geograficznym również zostały dobrze opisane.3-6 Tak więc, wykonanie nowego testu genotypowego nie może być ekstrapolowane z jednego ustawienia do drugiego, ale musi być zatwierdzone w każdym położeniu geograficznym.
Thomas Maitre, MD
Hôpital Tenon, Paryż, Francja

Alexandra Aubry, doktor medycyny
Nicolas Veziris, MD, Ph.D.
Centre d Immunologie et des Maladies Infectieuses, Paryż, Francja
Nie zgłoszono żadnego potencjalnego konfliktu interesów związanego z tym pismem.
6 Referencje1. Xie YL, Chakravorty S, Armstrong DT, i in. Ocena szybkiego testu lekooporności na gruźlicę. N Engl J Med 2017; 377: 1043-1054
Bezpłatny, pełny tekst Web of Science Medline
2. Aubry A, Sougakoff W, Bodzongo P, i in. Pierwsza ocena lekoopornych izolatów klinicznych Mycobacterium tuberculosis z Kongo wykazała błędne wykrycie oporności na fluorochinolon w teście z użyciem sondy liniowej z powodu podwójnej substytucji T80A-A90G w GyrA. PLoS One 2014; 9: e95083-e95083
Crossref Web of Science Medline
3. Lari N, Rindi L, Sola C i in. Różnorodność genetyczna, określona na podstawie polimorfizmów katG463 i gyrA95, Spoligotyping i typowanie IS6110, izolatów kompleksu Mycobacterium tuberculosis z Włoch. J Clin Microbiol 2005; 43: 1617-1624
Crossref Web of Science Medline
4. Hoshide M, Qian L, Rodrigues C, i in. Różnice geograficzne związane z polimorfizmami pojedynczych nukleotydów (SNP) w dziewięciu genach docelowych wśród opornych izolatów klinicznych Mycobacterium tuberculosis. J Clin Microbiol 2014; 52: 1322-1329
Crossref Web of Science Medline
5. Takawira FT, Mandishora RSD, Dhlamini Z, Munemo E, Stray-Pedersen B. Mutacje w genach rpoB i katG opornych na wiele leków prątków prątków gruźlicy niewykrywalnych metodami diagnostycznymi genotypowania. Pan Afr Med J 2017; 27: 145-145
Crossref Web of Science Medline
6. Kaswa MK, Aloni M, Nkuku L, i in. Pseudo-epidemia gruźlicy pre-intensywnie lekoopornej (pre-XDR) w Kinszasie: uboczne uszkodzenie spowodowane fałszywym wykrywaniem oporności na fluorochinolony przez GenoType MTBDRsl. J Clin Microbiol 2014; 52: 2876-2880
Crossref Web of Science Medline
Odpowiedź
Autorzy odpowiadają: Zgadzamy się z Maitre i in. geograficznie wyizolowane szczepy M. tuberculosis mogą zawierać nietypowe polimorfizmy genetyczne, takie jak gyrA A90G (lub T80A-A90G), które prowadzą do fałszywej identyfikacji oporności. Oczekujemy jednak, że sytuacja ta będzie stosunkowo rzadka. Na przykład, coraz większa literatura (w tym badania w różnych lokalizacjach geograficznych) pokazuje, że z rzadkimi wyjątkami mutacje gyrA, które są wykrywane w teście badawczym, są powiązane z fenotypową opornością na leki, słabymi wynikami leczenia lub obu, gdy antybiotyk w Pytanie jest używane.1 Sonda molekularna, która jest używana w teście badawczym, pozwala każdemu beaconowi wykryć (i odróżnić jeden od drugiego) pewną liczbę mutacji, w tym 25 geograficznie rozpowszechnionych mutacji reprezentowanych w naszym badaniu.2 W symulacji komputerowej A90G można było odróżnić od innych mutantów regionu determinujących oporność na chinolon (np. D94G), które powodują oporność na fluorochinol o wysokim poziomie, ale nie można ich odróżnić od mutacji (np. A90V), które powodują niską oporność – a scenariusz kliniczny, w którym fluorochinolony są zwykle użyteczne i wskazane.
Soumitesh Chakravorty, Ph.D.
Rutgers New Jersey Medical School, Newark, NJ
Yingda L. Xie, MD
National Institutes of Health, Bethesda, MD
Susan E. Dorman, MD
Uniwersytet Medyczny Karoliny Południowej, Charleston, SC

Od czasu zaakceptowania artykułu dr Chakravorty informuje, że pełni funkcję dyrektora ds. Badań i rozwoju w firmie Cepheid, która jest producentem badanego wkładu, który został oceniony w ich badaniu. Nie zgłoszono żadnego potencjalnego konfliktu interesów związanego z tym pismem.
2 Referencje1. Rigouts L, Coeck N, Gumusboga M, i in. Specyficzne mutacje genu gyrA przewidują słabe wyniki leczenia w MDR-TB. J Antimicrob Chemother 2016; 71: 314-323
Crossref Web of Science Medline
2. Chakra
[patrz też: kardiolog kielce, lekarz dermatolog Warszawa, psychologia ]
[patrz też: ambrisentan, busulfan, bramki rozsuwane ]